荧光法基于叶绿素 a 独特的光学特性。叶绿素 a 分子中的电子在吸收特定波长（通常为蓝光，波长范围约 400 - 450 纳米）的光子能量后，会从基态跃迁到激发态。处于激发态的电子不稳定，会迅速返回基态，在这个过程中以荧光的形式释放出多余的能量。
水质叶绿素 a 测定仪利用这一原理，内置能发射特定波长蓝光的光源，当光源发出的蓝光照射到含有叶绿素 a 的水样时，水样中的叶绿素 a 分子被激发，进而发射出荧光。仪器配备高灵敏度的荧光探测器，用于捕捉叶绿素 a 发射的荧光信号。
荧光强度与水样中的叶绿素 a 浓度存在定量关系，即荧光强度越高，水样中的叶绿素 a 浓度越高。仪器通过精确测量荧光强度，并依据预先建立的校准曲线，将荧光强度转化为对应的叶绿素 a 浓度值。校准曲线的建立通常是使用一系列已知浓度的叶绿素 a 标准溶液进行测量，获得不同浓度下的荧光强度数据，经过数据拟合得到二者之间的函数关系。这种方式使得仪器能够准确、快速地测定水样中的叶绿素 a 含量，为水质监测和研究提供可靠的数据支持 。
